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根据《中华人民共和国增值税法》 第十七条　销售额，是指纳税人发生应税交易取得的与之相关的价款，包括货币和非货币形式的经济利益对应的全部价款，不包括按照一般计税方法计算的销项税额和按照简易计税方法计算的应纳税额。 根据《中华人民共和国增值税法实施条例》 第十五条　增值税法第十七条所称全部价款，不包括纳税人代为收取的下列税费或者款项： （一）政府性基金或者行政事业性收费； （二）受托加工应征消费税的消费品所产生的消费税； （三）车辆购置税、车船税； （四）以委托方名义开具发票代委托方收取的款项。 因此，贵司按合同约定的违约条款计算的违约金，与应税交易相关的价款，因此这部分违约金可以开具发票（发票大类和实验服务相同），贵司需要按照规定申报销项税额