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根据国家税务总局公告2012年第57号 第六条 汇总纳税企业按照《企业所得税法》规定汇总计算的企业所得税，包括预缴税款和汇算清缴应缴应退税款，50%在各分支机构间分摊，各分支机构根据分摊税款就地办理缴库或退库;50%由总机构分摊缴纳，其中25%就地办理缴库或退库，25%就地全额缴入中央国库或退库。具体的税款缴库或退库程序按照财预[2012]40号文件第五条等相关规定执行。 因此，如果总公司应纳税所得税1000万，分公司应纳税所得税100万，则总分公司合计应纳税所得税1100万元，假设税率25%，则总分公司应纳税额275万元，总公司所在地申报137.5万元，剩余137.5万元在分支机构之间按照规定比例分摊，如果只有深圳一家分公司，则剩余50%缴纳在深圳分公司所在地