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根据《国家税务总局关于增值税发票综合服务平台等事项的公告》(国家税务总局公告2020年第1号)文件规定，四、……纳税人丢失已开具增值税专用发票或机动车销售统一发票的抵扣联，可凭相应发票的发票联复印件，作为增值税进项税额的抵扣凭证或退税凭证;纳税人丢失已开具增值税专用发票或机动车销售统一发票的发票联，可凭相应发票的抵扣联复印件，作为记账凭证。 四、根据《国家税务总局关于红字增值税发票开具有关问题的公告》（国家税务总局公告2016年第47号）　一、增值税一般纳税人开具增值税专用发票(以下简称“专用发票”)后，发生销货退回、开票有误、应税服务中止等情形但不符合发票作废条件，或者因销货部分退回及发生销售折让，需要开具红字专用发票的，按以下方法处理：(一)购买方取得专用发票已用于申报抵扣的，购买方可在增值税发票管理新系统(以下简称“新系统”)中填开并上传《开具红字增值税专用发票信息表》(以下简称《信息表》，详见附件)，在填开《信息表》时不填写相对应的蓝字专用发票信息，应暂依《信息表》所列增值税税额从当期进项税额中转出，待取得销售方开具的红字专用发票后，与《信息表》一并作为记账凭证。……(二)主管税务机关通过网络接收纳税人上传的《信息表》，系统自动校验通过后，生成带有“红字发票信息表编号”的《信息表》，并将信息同步至纳税人端系统中。(三)销售方凭税务机关系统校验通过的《信息表》开具红字专用发票，在新系统中以销项负数开具。红字专用发票应与《信息表》一一对应。(四)纳税人也可凭《信息表》电子信息或纸质资料到税务机关对《信息表》内容进行系统校验。 因此，个人认为抵扣联遗失原则上不影响开具红字发票；另外根据《国家税务总局关于发布<纳税信用评价指标和评价方式(试行)的公告》(国家税务总局公告2014年第48号)附件《纳税信用评价指标和评价方式(试行) 》规定，未按规定保管纸质发票并造成发票损毁、遗失的;扣3分。因此，丢失发票会影响纳税信用评价。