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我司为工业制造企业，一般纳税人，总部在南京，在沈阳设立分公司。沈阳分公司进口货物报关时，进口单位名称误填成南京总公司，造成南京总公司缴纳了进口增值税，海关进口增值税专用缴款书上缴款单位为南京总公司。

请教一下，南京总公司是否可以抵扣这笔进口增值税？或南京总公司可否通过服务费形式向沈阳分公司收取这笔进口增值税，并向沈阳分公司开具6%增值税发票？ 请问上午问题，从税务角度如何处理比较合规？谢谢。